L’industrie représente 5% du PIB comorien : distillation de parfum, textile, matériaux de construction et boissons non alcoolisées. Divers obstacles handicapent le développement des industries, notamment l’insuffisance des infrastructures : les moyens de communication maritimes et aériens sont limités et le pays connaît des pénuries d’électricité et des coupures d’eau qui freinent l’activité productive.
Le secteur privé, représenté par des entreprises de petites tailles, se consacrent essentiellement à la transformation des productions agricoles et aux activités liées au secteur du bâtiment. En fait, si l’on exclut la construction et les activités agroalimentaires, le pays n’a presque aucune d’industrie.